USB メモリを Linux boot 化してしまった後、Windows で FAT フォーマットを
  行っても 領域は戻りません。vista までの OS で確認済。
  Linux usb boot 化は ubuntu や Fedora 等があります。
  Windows 上の「ディスクの管理」からボリュームを削除すると、
  「リムーバブルディスクでは、この操作はサポートされていません。」
  と怒られてしまいます。こーいうときは各メーカーのフォーマッタを利用すると
  Windows でも綺麗に戻せます。
  BUFFALO(バッファロー)のフォーマッタはこちら。
  Panasonix(パナソニック)のフォーマッタはこちら。
  他にも、全てに対応した有料ソフトもありますが、目的に応じて使い分けるのが
  良いかもしれません。
  
  
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